Arrêt de travail non indemnisé : CPAM ou employeur, qui saisir en premier ?

Publié le 7 juillet 2026

Arrêt non indemnisé : à qui adresser votre demande en premier pour sécuriser vos droits ?

Arrêt de travail non indemnisé : CPAM ou employeur, qui saisir en premier ?

Comprendre la différence entre indemnisation CPAM et indemnisation employeur

Un arrêt de travail peut rester sans indemnisation pour plusieurs raisons : dépassement du délai de carence, absence de couverture maladie, ou conditions d'ancienneté non remplies chez l'employeur. La CPAM (Caisse d'Assurance Maladie) verse des indemnités journalières si vous remplissez les conditions légales, notamment trois jours de carence et au minimum huit semaines d'immatriculation. Votre employeur, quant à lui, est soumis à des obligations contractuelles ou légales différentes selon votre secteur d'activité et votre convention collective. Ces deux organismes n'appliquent pas les mêmes critères : la CPAM se concentre sur votre affiliation et votre historique professionnel, tandis que l'employeur examine surtout votre ancienneté et vos conditions d'embauche.

Débuter par la CPAM : la base obligatoire

Saisir d'abord la Caisse d'Assurance Maladie est généralement le bon réflexe. Elle traite votre dossier de façon autonome et décide si vous êtes éligible aux indemnités journalières maladie. Pour ce faire, votre médecin transmet le certificat d'arrêt directement via la plateforme de télétransmission, ou vous le déposez vous-même sur votre compte ameli.fr. La CPAM dispose d'un délai d'instruction pendant lequel elle vérifie vos droits. Même si son avis est négatif (par exemple, pas assez d'immatriculation), cette démarche crée une trace administrative utile : elle prouve que vous avez sollicité l'organisme compétent et vous permet de contester ultérieurement si vous estimez que la décision est erronée.

En parallèle ou après : saisir votre employeur

N'attendez pas forcément une réponse de la CPAM pour alerter votre employeur. Selon votre convention collective, celui-ci peut être tenu de maintenir une partie de votre salaire ou de compléter ce que la CPAM verse. Communiquez-lui l'arrêt de travail dans les délais prévus par votre contrat (souvent 48 heures) et demandez explicitement quelles indemnités il peut vous verser. Certaines branches professionnelles (BTP, commerce, santé, notamment) prévoient un complément employeur pour les arrêts supérieurs à trois jours. Ce complément n'apparaît qu'en cas de demande écrite ; silencieuse, cette obligation disparaît souvent faute d'initiative du salarié.

Réclamation officielle en cas de refus injustifié

Si la CPAM refuse votre demande ou si votre employeur reste muet après plusieurs rappels, vous pouvez engager une réclamation formelle. Envoyer un courrier recommandé expose clairement votre demande et crée une date de départ pour les délais de contestation. Auprès de la CPAM, vous disposez d'un délai de deux mois pour contester une première décision. Auprès de l'employeur, un courrier recommandé avec accusé de réception le met en demeure de justifier son refus. Ces deux démarches peuvent s'engager de manière indépendante et complémentaire.

Quand l'ordre s'inverse : cas exceptionnels

Si votre ancienneté est depuis longtemps confirmée chez votre employeur mais que vous venez tout juste de vous immatriculer à la CPAM (changement de situation professionnelle, travail sans couverture antérieure), c'est le complément employeur qui sera votre principal levier. Dans ce cas, adressez d'abord à votre employeur un courrier demandant explicitement l'application de votre convention collective pendant cet arrêt.

Face à un refus d'indemnisation, cette double vigilance — vérifier auprès de la CPAM ET solliciter formellement l'employeur — maximise vos chances de sécuriser le revenu manquant. Un courrier recommandé structuré et précis auprès de chacun crée les traces administratives qui comptent en cas de litige.